Niches fiscales rabotées, budget du ministère à la baisse : l'Agriculture n'est pas épargnée par le plan de redressement des comptes publics. Présenté le 14 octobre en conseil des ministres, le projet de loi de finances (PLF) pour 2026 taille dans des niches fiscales jugées «obsolètes ou inefficaces», notamment les biocarburants. Il prévoit ainsi la suppression du tarif particulier pour le B100 (biodiesel à base de colza) et la réduction progressive de l'avantage fiscal pour l'E85 (éthanol, notamment à partir de betteraves). La FNSEA, qui en avait fait «une ligne rouge» lors de sa rencontre le 2 octobre avec le Premier ministre Sébastien Lecornu, a déjà prévu d'oeuvrer pour promouvoir des amendements.
Via le même article du PLF, le gouvernement supprime des exonérations d'impôt sur le revenu liées à la transmission d'exploitation agricole. Ce dispositif «éteint» - qui ne produit plus aucun effet budgétaire et concerne le traitement fiscal des intérêts du différé de paiement - est toutefois remplacé par d'autres mesures budgétaires.

Prorogation du crédit d'impôt bio
Le texte maintient en revanche deux dispositifs de soutien, en prorogeant la déduction pour épargne de précaution (DEP) jusqu'au 31 décembre 2028 et le crédit d'impôt en faveur de l'agriculture biologique jusqu'à 2027. Un autre ajustement permet à l'éleveur qui subit un abattage sanitaire d'animaux reproducteurs, d'être exonéré d'impôt sur les plus-values ou profits sur stock, à condition de réinvestir l'indemnité perçue à la reconstitution du cheptel. Déjà inscrits dans le budget 2025, deux dispositifs sont précisés. L'un concerne l'application anticipée de la provision pour augmentation de la valeur des stocks de vaches laitières et allaitantes. L'autre facilite les transmissions, en prévoyant, à compter du 15 février 2025, le rehaussement des seuils au-delà desquels l'exonération partielle des droits de mutation à titre gratuit est réduite, sous condition de bail rural à long terme.
Les redevances des agences de l'eau sont par ailleurs aménagées : les agriculteurs qui irriguent avec de l'eau potable, faute d'alternative, ont droit à un abattement d'assiette jusqu'à 20 000 m3 par an.

Le budget de l'Agriculture réduit de 200 M
Comme prévu dès juillet dans les plafonds de dépenses proposés par le gouvernement de François Bayrou, le ministère des Finances propose un budget en baisse de 200 millions d'euros (MEUR) pour la mission Afaar (agriculture, forêt, ruralité). Le budget du ministère de l'Agriculture descend à
3,8 milliards d'euros (MdEUR), auxquels il faut ajouter 500 MEUR de taxes affectées, qui restent inchangées. La baisse est essentiellement supportée par la ligne «Compétitivité et durabilité de l'agriculture, de l'agroalimentaire et affaires rurales», vaste enveloppe qui inclut les soutiens publics, à l'exclusion du TO-DE.
Pour le ministère de l'Agriculture, il s'agirait d'une seconde baisse consécutive. En autorisations d'engagements, la mission Afaar était passée de 5,37 MdEUR votés en LFI 2024 à 4,62 MdEUR d'euros en 2025. Cette première baisse était intervenue après une hausse de plus de 1 MdEUR pour le budget 2024 de la Rue de Varenne, dont 782 MEUR étaient fléchés vers la planification écologique. Globalement, le gouvernement prévoit un effort d'une trentaine de milliards d'euros, dont 17 MdEUR sur les dépenses - notamment celles de l'État qui baisseront, à l'exception de la défense (+ 6,7 MdEUR) -
et près de 14 MdEUR en recettes nouvelles, d'après un chiffrage du Haut conseil des finances publiques.

Extension du capital décès
Le projet de loi de financement de la sécurité sociale (PLFSS) pour 2026 annonce l'extension du bénéfice du capital décès aux ayants droit des non-salariés agricoles (exploitants agricoles pour l'essentiel) décédés des suites d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle (AT-MP). Le capital décès existe depuis 2022 pour les familles d'agriculteurs décédés à la suite d'une maladie ou d'un accident de la vie privée. «Cette mesure participe à la convergence du régime de protection sociale des non-salariés agricoles vers le régime général de Sécurité sociale et le régime des salariés agricoles», est-il indiqué. Le gouvernement explique que cette mesure répond à un engagement du plan gouvernemental d'accompagnement des agriculteurs en détresse en améliorant l'aide apportée aux familles en cas de suicide du chef d'exploitation ou d'un membre de la famille travaillant sur l'exploitation.
Globalement, le PLFSS 2026 proposé par le gouvernement Lecornu répond à un impératif de redressement des comptes sociaux. Le projet vise ainsi à ramener en 2026 le déficit (23 MdEUR en 2025) à 17,4 MdEUR, avec pour objectif un retour à l'équilibre en 2029 et à renforcer la lutte contre la fraude.